من أكثر الاشياء التي تثير الجدل في العقيدة القبطية هي قصة الظهورات المقدسة والتي تجددت مرة اخرى عقب استدعاء القمص مكاري لسيدة على شاشة قناة فضائية لتروي شهادتها حول ظهور السيد المسيح عليه السلام، وقد تبع كلامها بالبكاء قائلا: السيد المسيح بيننا.
وردا من الكنيسة الارثوذكسية على ما قام به القمص مكاري اثناء عظته، صرح المتحدث باسمها بان الاعلان عن الظهورات والمعجزات يتطلب اجراءات محددة لم تقم بها الكنيسة مما يعني عدم الاعتراف بها.
كما اضاف المتحدث باسم الكنيسة أن المعجزات كانت وستكون بهدف تعليمي وليس بهدف العرض والفرعات الاعلامية.
وبعد الهجوم الذي واجه القمص مكاري لبكائه وعرضه لما سماه معجزة ظهور السيد المسيح، تراجع عما قال وبرر سبب بكاءه بانه قد تأثر بتصفيق الحاضرين فور رؤيتهم صورة السيد المسيح وبرر كلامه بان كله ثقه أن دائما وابدا السيد المسيح موجودا بيننا ومعنا.
لقطة من الفيديو الذي عرضته القناة الفضائية القبطية مؤكده ظهور السيد المسيح
كما علقت قناة الكرمة الفضائية على اتهامها بالفبركة لاحداث ضجة اعلامية بانها وبعد كل هذه السنوات لا تحتاج الي هذا النوع من الفبركة وعمل المونتاج لاي فيديو كي تحدث به ضجه اعلامية.
جدير بالذكر أن القمص مكاري يونان يعد من اشهر الاقماص ورجال الكنيسة الارثوذكسية الذين يقومون بطرد الارواح الشريرة، ولذلك فقد اكتسب شهرة واسعة بين ابناء الكنيسة.